清洁生产审核的原理可概括为逐步深入原理、分层嵌入原理、反复迭代原理、物质守恒原理、穷尽枚举原理。
 
    逐步深入原理
    清洁生产审核要逐步深入，即要由粗而细、从大至小。审核开始时，即在筹划和组织阶段，组织机构的成立、宣传教育的对象等都是在组织整个范围的基础上进行的。预评估阶段同样是在整个组织的大范围进行，相对于后几个阶段而言，这一阶段收集的资料一般地讲是比较粗略的，定性的比较多，有时不一定十分准确，而且主要是现成的资料。从评估阶段开始到方案实施阶段，审核工作都在审核重点范围内进行。这四个阶段工作的范围比前两个阶段要小得多，但二者工作的深度和细致程度不同。这四个阶段要求的资料要全面、翔实，并以定量为主，许多数据和方案要靠通过调查研究和创造性的工作之后才能开发出来。最后一个阶段“持续清洁生产”则既有相当一部分工作又返回整个组织的大范围进行，还有一部分工作仍集中在审核重点部位，对这一部位前四个阶段的工作进行进一步的深化、细化和规范化。
    分层嵌入原理
    分层嵌入原理是指审核中在废物在哪里产生、为什么会产生废弃物、如何消除这些废物这三个层次的每一个层次，都要嵌入原辅材料和能源、技术工艺、设备、过程控制、管理、员工、产品、废物这八条途径。
    以预评估为例。共有六个步骤。不论是进行现状调研、现场考察、评价产污排污状况，还是确定审核重点、设置清洁生产目标、提出和实施无低费方案，都应该在这三个层次上展开，每一个层次都要从八条途径着手进行工作。进行现状调研时，首要的问题应是弄清楚废物在哪里产生，要回答这一问题，则首先要对组织的原辅材料和能源进行调研，包括其种类、数量和性质，以及收购、运输、储存等多个环节。然后分析研究组织的技术工艺，再其次分析研究组织的设备，接着对组织的过程控制、管理、员工、产品、废物等方面一一进行初步的分析研究。从这八条途径入手，弄清其废物在哪里产生的问题。 
    第二个层次是问为什么会产生废物。要回答这一问题，仍然要嵌入八条途径。仍以预评估中的现状调研为例，其要点是在大致摸清废物源头之后，按顺序依次分析组织的原辅材料和能源、技术工艺、设备、过程控制、管理、员工、产品、废物等。在这个层次嵌入八条途径的目的与第一层次不同，这一层次是从以上八条途径分析为什么会产生废物。
    要注意污染源与污染成因具有异同性，即二者有时一致，有时不一致。例如生产过程中的产污，污染源的部位在生产设备，但其成因可能是原材料的收购或运输过程出了问题。
    第三个层次是为减少或消除这些废物。在这一层次分析和研究对策时，仍应从八条途径入手，即仍应嵌入这八条途径，换句话说，解决污染问题的方案，或者说清洁生产方案，仍要从这八条途径入手按顺序寻找。但是以预评估中的现状调研为例，这一步骤并不明显地要求审核人员寻找或开发清洁生产方案，但一位优秀的清洁生产审核人员在这一步骤的这一时刻，显然应该开始考虑针对已初步查明的污染源和污染成因的清洁生产方案，虽然这些方案暂时还是粗略的和不够成熟的。
    反复迭代原理
    清洁生产审核的过程，是一个反复迭代的过程，即在审核七个阶段相当多的步骤中要反复使用上述的分层嵌入原理。
    这一方法不仅要应用于现状调研步骤，还要应用于现场考察步骤，还要应用于评估阶段、方案产生和筛选阶段、可行性分析阶段、方案实施阶段的相当多的步骤中。当然，有的步骤应进行三个层次的完整迭代，有的步骤只进行一个或两个层次的迭代。
    在评估阶段分析废物产生原因这一步骤里，一般只进行废物在哪里产生及为什么会产生这些废物这两个层次的迭代。顺序上首先应从原辅材料和能源、技术工艺、设备等八条途径入手找到污染物产生的准确部位，然后同样依次循着这八条途径研究为什么会产生这些废物。在评估阶段的下一个步骤即提出和实施无低费方案里，往往仅在如何减少或消除这些废物的这个层次上，依次考虑原辅材料和能源的清洁生产方案、技术工艺的清洁生产方案、设备的清洁生产方案、过程控制的清洁生产方案，直至废物的清洁生产方案。
    物质守恒原理
    物质守恒这一大自然普遍遵循的原理，也是清洁生产中的一条重要原理。
    预评估阶段在对现有资料进行分析评估时，对组织现场进行考察研究时，评价产污排污状况时都要应用物质守恒原理。虽然此时获得的资料不一定很全面、很准确，但大致估算一下组织的各种原辅材料和能源的投入、产品的产量、污染物的种类和数量、未知去向的物质等，在其间建立一种粗略的平衡，则将大大有助于弄清楚组织的经营管理水平及其物质和能源的流动去向。在上述工作基础之上，再利用各班记录等数据粗略计算审核重点的物料平衡状况，此时物质守恒原理显然是一种有用的工具。
    评估阶段的一项重要工作是建立审核重点的物料平衡，这一工作当然必须遵循物质守恒原理，而且，这一阶段使用或产生的数据已经相当准确，因而此时的物质守恒原理的应用将是相当准确、相当严格的。
       穷尽枚举原理
    穷尽枚举原理的重点，一是穷尽，二是枚举。
    所谓穷尽，是指八条途径实际上构成了一个清洁生产方案的充分必要集合。换言之，一个组织从这八条途径入手，一定能发现自身的清洁生产方案；一个组织发现的任何一个清洁生产方案，必然循着这八条途径中的一条或者几条找到的。因此，从理论上讲从这八条途径入手可以识别出该组织现阶段所有的清洁生产方案。
    所谓枚举，即是不连续地、一个一个地例举出来。因此，穷尽枚举原理意味着在每一个步骤的每一个层次的迭代中，都要将八条途径当作这一步骤的切入点，由此深化和做好该步骤的工作，切不可合并，也不可跳跃。因为如果将八条途径中的若干条合为一条，或从原辅材料和能源直接跳跃到过程控制，则污染源的数量和部位、污染成因及清洁生产方案均可能无法完全找到，即没有穷尽。
    虽然不可能在每一个层次的每一个步骤的每一个切入点上都能够识别污染源或找到污染成因，或找到清洁生产方案，但严格地遵循穷尽枚举原理是清洁生产审核成功的重要前提之一。学习和掌握穷尽枚举原理，并结合上述的逐步深入原理、分层嵌入原理、反复迭代原理和物质守恒原理，将极大程度地提高清洁生产审核人员的工作质量。